Il CPA del 2005 istituisce un nuovo Governo di Unità Nazionale,(GoNU, Government of National Unity) ed il governo ad interim del Sud Sudan (GoSS Government of Southern Sudan).

Lo storico accordo prevede inoltre il cessate il fuoco, il ritiro delle truppe dal Sud Sudan e il rimpatrio dei profughi. È inoltre previsto che alla fine di un periodo di interim di sei anni si svolgano elezioni a tutti i livelli, inclusa la presidenza dello stato, i governatori e le assemblee legislative nazionali e statali.

Inoltre, con il CPA si stabilisce che alla fine del periodo di sei anni, nel 2011, si tenga un referendum per l'autodeterminazione del Sud Il Sudan di oggi è amministrativamente suddiviso in 26 stati detti Wilayat (A'ali an Nil, Al Bahr al Ahmar, Al Buhayrat, Al Jazirah, Al Khartoum, Al Qadarif, Al Wahdah, An Nil al Abyad, An Nil al Azraq, Ash Shamaliyah, Bahr al Jabal, Gharb al Istiwa'iyah, Gharb Bahr al Ghazal, Gharb Darfur, Gharb Kurdufan, Janub Darfur, Janub Kurdufan, Junqali, Kassala, Nahr an Nil, Shamal Bahr al Ghazal, Shamal Darfur, Shamal Kurdufan, Sharq al Istiwa'iyah, Sinnar, Warab).

Il sistema legale è basato sul Common Law inglese e sulla legge islamica. La legge islamica si applica a tutti gli abitanti degli stati del nord indipendentemente dalla loro religione.
Il CPA garantisce comunque alcune garanzie per i non musulmani di Khartoum.

I principali partiti politici sono:

• National Congress Party - NCP [ presidente Umar Hassan al-BASHIR];
• Sudan People's Liberation Movement - SPLM [Salva KIIR Mayardit];
• Democratic Union Party [Muhammad Uthman al-MIRGHANI];
• Umma Party [SADIQ Siddiq al-Mahdi].