Il Sudan fin dall’inizio dell’era cristiana (terzo - quarto secolo) si presenta come unnsieme di piccoli regni e principati, fino al 1820-21 quando cadde sotto il controllo dell’Egitto.
Il Sud Sudan rimase invece un’area di tribù frammentate, soggette a frequenti attacchi da parte di commercianti di schiavi.
Nel 1880, il leader religioso Muhammad Ibn Abdalla autoproclamatosi Mahdi, iniziò una campagna di unificazione del Sudan centrale e occidentale. I suoi seguaci presero il nome di “Ansars” (i seguaci), nome tutt’oggi usato e associato al più grande partito politico, il partito della Umma, guidato da un discendente del Mahdi.
Il Mahdi guidò la rivolta nazionalista contro il dominio egiziano, che culminò con la presa di Khartoum nel 1885. Lo stato mahdista sopravvisse alla morte del Mahdi fino al 1898 quando fu sopraffatto dalle forze anglo-egiziane guidate da Lord Kitchener. Gli inglesi costituirono un protettorato, formalmente anglo-egiziano.

L’indipendenza

Nel febbraio del 1953 Regno Unito ed Egitto abolirono il regime di protettorato, riconoscendo al Sudan il diritto all’auto-governo e all’auto-determinazione. Il periodo di transizione verso l’indipendenza iniziò con l’inaugurazione del primo parlamento nel 1954 e si concluse con la dichiarazione d’indipendenza il primo gennaio del 1956, con una costituzione provvisoria.
La costituzione non si espresse su due questioni cruciali per i leader del Sud – il carattere secolare ovvero islamico dello stato e la sua struttura unitaria o federale.
Due anni dopo i sud-sudanesi, vedendo fallire l’ipotesi della creazione di un stato di tipo federale, abbandonarono l’assemblea costituente. Questo diede inizio ai primi 17 anni di guerra civile.

La guerra civile

Il Sudan è stato in guerra per più di tre quarti della sua esistenza. Sin dall’indipendenza, lo sviluppo politico ed economico del paese è stato ritardato dai conflitti radicati nelle profonde differenze culturali e religiose che hanno prodotto lo spostamento forzato di vaste porzioni dei suoi abitanti. I sudanesi del Nord hanno tradizionalmente detenuto il potere nel paese, cercando di unificarlo lungo le linee dell’arabismo e dell’Islam, nonostante l’opposizione di non-musulmani, delle popolazioni del sud e delle aree marginalizzate nell’est ed ovest del paese.
La guerra civile che ne è risultata ha finito con l’influenzare i paesi confinanti, agendo alternativamente da base per i movimenti ribelli e da meta delle popolazioni sfollate.
Nel 1958 il generale Ibrahim Abboud andò al potere perseguendo una politica di forte arabizzazione e islamizzazione nel sud che finì col rafforzare l’opposizione sudista. Nel 1964 il generale fu rovesciato e fu instaurato un governo tecnico di transizione.
Nel maggio del 1969 un gruppo di militari guidati dal colonnello Gaafar Muhammad Nimeiri prese il potere, portando il Sudan verso il socialismo e riconoscendo autonomia al Sud Sudan.
I negoziati di pace col Sud Sudan culminarono nell’accordo di pace di Addis Abeba (Addis Abeba Peace Treaty) del 1972 che garantì al sud una sorta di autonomia tramite la costituzione di un'assemblea regionale con facoltà di elezione del Presidente dell'Alto Consiglio Esecutivo (HEC), soggetto però alla conferma da parte del Presidente della Repubblica.

Nel 1979 la scoperta di giacimenti di petrolio nel Sud Sudan da parte della Chevron minacciano fortemente la stabilità dell’equilibrio tra nord e sud del paese. I nordisti iniziarono a premere affinché i riferimenti all’autonomia finanziaria del sud fossero eliminati dall’accordo di pace.
Nel 1983 Nimeiri abolì gli accordi di pace di Addis Abeba del 1972, dando inizio a una campagna di islamizzazione, con l’instaurazione della legge islamica (Shari'a). Anche le popolazioni del Sud e altri non-musulmani del Sudan furono soggetti alla Shari’a.
In seguito alla deposizione di Nimieri, nel 1986 si tennero le elezioni che portarono al potere un governo civile, il cui partito di maggioranza era l'Umma Party. Numerosi furono i tentativi per una pace negoziata col Sud, ma ogni proposta che tenesse conto delle differenze culturali e religiose della popolazione si incagliarono sulla volontà di coloro che avocavano la supremazia araba. Nel 1989 una fazione dell’esercito instaurò al potere, con un colpo di stato il generale Omar al-Bashir esponente del Fronte Islamico Nazionale, guidato da Hassan El Turabi. Le posizioni filo-islamiste esacerbarono il conflitto nord-sud.

Dagli anni ‘90 ad oggi

Gli anni ‘90 videro crescere anche nelle regioni occidentali e orientali un senso di alienazione nei confronti del centro. Il potere di Khartoum era visto come sempre meno vicino alle istanze e problematiche delle popolazioni musulmane e non-musulmane delle regioni periferiche nel paese. La crescente alienazione verso il centro portò alcuni gruppi a simpatizzare, e in alcuni casi anche a combattere, a fianco del Sudan People's Liberation Movement/Army (SPLM/A), il movimento di opposizione armata del Sud.

Un importante tentativo di porre fine alla guerra civile sudanese fu fatto nel 1993, quando uno sforzo congiunto dei leader di Eritrea, Etiopia, Uganda e Kenya diede luogo a un’iniziativa di pace sotto le linee guida dell’IGAD (Intergovernmental Authority for Development), sebbene con risultati parziali. Nonostante questo, l’iniziativa IGAD promulgò i Declaration of Principles (DOP) volti all’identificazione degli elementi essenziali necessari per un accordo di pace equanime e inclusivo, ovvero: la relazione tra religione e stato, la condivisione del potere e il diritto all’autodeterminazione del Sud.
Sono questi i principi su cui si basa il CPA (Comprehensive Peace Agreement) firmato il il 9 gennaio 2005 a Nairobi, Kenya, salutato dalla comunità internazionale come un passaggio chiave verso la pacificazione e la democratizzazione del Paese.

L’Accordo di pace e il nuovo governo

Il CPA del 2005 istituisce un nuovo Governo di Unità Nazionale, (GoNU, Government of National Unity) ed il governo ad interim del Sud Sudan (GoSS Government of Southern Sudan). Lo storico accordo prevede inoltre il cessate il fuoco, il ritiro delle truppe dal Sud Sudan e il rimpatrio dei profughi. È inoltre previsto che alla fine di un periodo di interim di sei anni si svolgano elezioni a tutti i livelli, inclusa la presidenza dello stato, i governatori e le assemblee legislative nazionali e statali. Inoltre, con il CPA si stabilisce che alla fine del periodo di sei anni, nel 2011, si tenga un referendum per l'autodeterminazione del Sud Il Sudan di oggi è amministrativamente suddiviso in 26 stati detti Wilayat (A'ali an Nil, Al Bahr al Ahmar, Al Buhayrat, Al Jazirah, Al Khartoum, Al Qadarif, Al Wahdah, An Nil al Abyad, An Nil al Azraq, Ash Shamaliyah, Bahr al Jabal, Gharb al Istiwa'iyah, Gharb Bahr al Ghazal, Gharb Darfur, Gharb Kurdufan, Janub Darfur, Janub Kurdufan, Junqali, Kassala, Nahr an Nil, Shamal Bahr al Ghazal, Shamal Darfur, Shamal Kurdufan, Sharq al Istiwa'iyah, Sinnar, Warab).
Il sistema legale è basato sul Common Law inglese e sulla legge islamica. La legge islamica si applica a tutti gli abitanti degli stati del nord indipendentemente dalla loro religione. Il CPA garantisce comunque alcune garanzie per i non musulmani di Khartoum.

I principali partiti politici sono:

- National Congress Party - NCP [ presidente Umar Hassan al-BASHIR];
- Sudan People's Liberation Movement - SPLM [Salva KIIR Mayardit];
- Democratic Union Party [Muhammad Uthman al-MIRGHANI]
- Umma Party [SADIQ Siddiq al-Mahdi];